Fray Juan sale de la cárcel en los momentos más aciagos para la reforma. Muerto el nuncio Ornaneto y revocado por su sucesor, Felipe Sega, el nombramiento de visitador que había recibido Gracián, los descalzos son entregados, inermes, en manos de los calzados. El Tostado, favorecido por el nuevo nuncio, reanuda sus ataques contra la reforma. La madre Teresa, recluida en su primer convento de Avila, sufre en el corazón los rudos golpes que se descargan contra su obra:

"Andan diciendo los han de perder (a los descalzos), porque lo tiene mandado el Tostado" (Epistolario, carta 304).

Estando así las cosas, los descalzos inician capítulo en Almodóvar el 9 de octubre de 1578, en cumplimiento de lo acordado anteriormente en la reunión allí celebrada. Decidieron entonces que apenas el padre Gracián, considerado superior provincial y visitador, cesase en el oficio, el padre Antonio de Jesús convocaría capítulo para proceder a la elección de nuevo provincial. Despojado Gracián de su cargo de visitador por decreto del nuncio Sega con fecha 23 de julio, se cree llegado el momento de celebrar la junta convenida.

Asisten el padre Antonio de Jesús, fray Pedro de los Angeles, prior del Calvario; Gregorio Nacianceno, Gabriel de la Asunción, Ambrosio de San Pedro y Francisco de la Concepción, prior de La Peñuela. A la reunión llega también fray Juan de la Cruz, acompañado por los criados de don Pedro de Mendoza, el canónigo toledano, que le ha tenido dos meses en el hospital de Santa Cruz, ocultándole y cuidándole.

Cuando la madre Teresa se entera de que fray Juan, sin estar aún repuesto, asiste a la reunión de Almodóvar, escribe al padre Gracián:

"Harta pena me ha dado la vida que ha pasado fray Juan y que le dejasen, estando tan malo, ir luego por ahí. Plega a Dios que no se nos muera. Procure vuestra paternidad que lo regalen en Almodóvar, y no pase de allí por hacerme a mi merced y no se descuide en avisarlo; mire no se olvide. Yo le digo que quedan pocos a vuestra paternidad como él, sí se muere" (Epistolario, carta 247).

El presidente, fray Antonio de Jesús, comienza por justificar la convocación del capitulo. Se ha consultado la licitud de la misma; y si hay letrados que opinan que los descalzos no tienen facultades para ello, otros aseguran la legitimidad de tal determinación. Se toman las siguientes resoluciones: nombramiento de un procurador que vaya a Roma a pedir la necesaria autonomía de los descalzos, misión que se encomienda al padre Nicolás de Jesús María (Doria), a quien acompañará el padre Pedro de los Angeles; nombramiento de fray Juan de la Cruz para sustituir a éste como superior del convento del Calvario.

Al tratar del envío de los dos descalzos a Roma, fray Juan pide que el acta sea firmada por todos, y así se hace.

Aún no se ha cerrado el capitulo, cuando se presenta en Almodóvar el padre Juan de Jesús Roca. Conocedor de la actitud hostil del nuncio, viene a advertir a los capitulares de lo peligroso de su situación. Pero los capitulares se mantienen firmes. Temiendo que el padre Roca, llevando su opinión adelante, volviera a Madrid a componerse con el nuncio o a desacreditar lo hecho por el capítulo, "lo recogieron en una celda, donde estuvo preso un mes".

La madre Teresa, que está en Avila, sigue con preocupación las incidencias del capítulo. Le preocupa, sobre todo, la elección de provincial en esas condiciones. Había intentado disuadirle al padre Antonio, pero ante la afirmación del padre de que "so pena de pecar, no podía hacer otra cosa", no se atrevió a contradecirle. En cuanto a la decisión de enviar a Roma descalzos que negocien la separación, cosa que siempre ha deseado, escribe ahora al padre Gracián:

"Cuando acá, con todo el favor, no pudimos remediar a fray Juan, ¿qué será allá ? A todos les parece mal enviar frailes".

Terminado el capitulo, casi todos los participantes, menos fray Juan, se trasladan a Madrid para exponer al nuncio lo realizado. La respuesta es feroz. El nuncio Sega prorrumpe en insultos a la madre Teresa y a los descalzos, "dándoles apellidos indignísimos de sus personas", declara nulo cuanto en el capítulo se ha hecho, lo califica de atentado a su autoridad legaticia, pone a los descalzos bajo la total autoridad de los calzados y decreta la prisión de los principales descalzos que tiene a mano. Al mismo tiempo, fulmina sentencia de excomunión contra todos los que han participado en el capítulo de Almodóvar. Queda, pues, excomulgado el santo de fray Juan.

Retenido en Madrid por el nuncio el padre Doria, se confía la misión de Roma al padre Pedro de los Angeles, a quien acompaña el lego fray Juan de Santiago. Pero se cumplió lo que fray Juan le dijo en Almodóvar: "Iréis a Italia descalzo y volveréis calzado".

Fray Juan parte de Almodóvar camino de Andalucía. Le acompañan los criados de don Pedro de Mendoza hasta Beas, donde hay un convento de descalzas, fundado tres años antes por la madre Teresa.

La priora del convento es Ana de Jesús, fundadora más tarde de los conventos de Granada y Madrid. Novicia aún en Avila, pasó por Mancera camino de Salamanca en el otoño de 1570, cuando fray Juan era subprior.

"Venia como un muerto, no más del pellejo sobre los huesos y tan enajenado de sí y tan acabado, que casi no podía hablar" (Francisca de la Madre de Dios).

La priora manda a dos monjas jóvenes, Lucía de San José y Francisca de la Madre de Dios, que consuelen a fray Juan cantando unas coplillas. Y en la penumbra del locutorio suena este cantar:
 

Fray Juan se estremece hasta no poder soportar la emoción. Con una mano se agarra fuertemente a la reja del locutorio y con la otra hace la señal de que cese el canto. No puede hablar. Permanece una hora inmóvil y silencioso. Cuando se repone, habla de lo mucho que el Señor le ha dado a entender el valor del sufrimiento y pondera lo poco que se le ofrece sufrir por Dios. Consta que está allí unos días. Después, reanuda su viaje hasta el Calvario. Allí viven cerca de treinta religiosos entregados a una vida penitente. Fray Juan no la suprime, pero si templa un poco su rigor, desarrollando en cambio un espíritu de fe, de amor y de confianza que los frailes del Calvario no habían conocido.

En ocasiones les llega a faltar el pan. Un día, fray Juan advierte que no han puesto pan en el refectorio y pregunta la causa. Le responden que porque no lo hay. Fray Juan les exhorta a llevar con alegría aquella pobreza, que es lo que han venido a buscar en la religión para imitar a Cristo. Dos horas más tarde, el hermano portero lleva al prior una carta. Fray Juan comienza a leerla y se le saltan las lágrimas. El portero, asustado, piensa que son malas noticias. Dice fray Juan: "nos tiene el Señor por tan ruines que no podemos llevar mucho tiempo la abstinencia de este día, pues ya nos envía la comida". Le anuncian el envío de una fanega de pan cocido y otra de harina. Aquella misma tarde envían desde Ubeda más provisiones.

Le gusta a fray Juan, entusiasmado con el paisaje que rodea al convento, sacar a sus frailes a pleno campo. Unas veces es para hacer la oración de comunidad entre las peñas y el boscaje; otras, para que se entretengan en el cultivo de la viña, del sembrado y de la huerta; otras, para que paseen, merienden y descansen. A veces les acompañan algunos seglares, amigos y bienhechores del convento.

Dos ocupaciones principales, aparte del gobierno de la comunidad, llenan los días de fray Juan de la Cruz en el Calvario: la asistencia a las monjas de Beas como confesor y la redacción de algunos de sus escritos.

Todos los sábados va a Beas. Va a pie. El mismo sábado comienza las confesiones y las continúa el domingo. Pero no se contenta fray Juan, como un confesor que le ha precedido, en confesarlas a todas en media hora. No tiene prisa. Es un asunto demasiado importante para no darle todo el tiempo que requiere.

"Muchas veces nos leía en los Evangelios y en otras cosas santas, y nos declaraba la letra y el espíritu de ellas" (Magdalena del Espíritu Santo).

Un día le pregunta la hermana Catalina por qué las ranas que están a la orilla de la balsa, apenas oyen las pisadas, saltan al agua y se ocultan en el hondo de la balsa. Fray Juan responde que porque aquél es el lugar donde tienen seguridad. Allí se defienden y conservan.

"Así ha de hacer ella, le dice; huir de las criaturas y zambullirse en lo hondo y centro, que es Dios, escondiéndose en él".

Otro día pregunta a sor Francisca: "¿En qué trae la oración?". Responde la monja: "En mirar la hermosura de Dios y holgarme de que la tenga". Y fray Juan comienza a decir maravillas de la belleza increada, que será el tema preferido durante días, terminando por componer las cinco últimas estrofas de su Cántico espiritual, iniciado en la cárcel de Toledo.

Comentan un día las monjas, en presencia de fray Juan, las fiestas próximas en que les toca comulgar. Hay días en que tienen que pedir especial permiso a la priora para hacerlo; otros están ya señalados por la ley. La hermana Catalina señala uno de éstos y dice muy resuelta: "Ese día está cierta la comunión". Fray Juan lo oye y se hace el desentendido. Pero llegado el día aludido la deja sin comulgar. Cuando las monjas le preguntan la causa, responde fray Juan: "Porque entienda que no es lo que imaginaba, por esto lo hice".

Ya desde Avila, fray Juan tiene la costumbre de dejar escritas en retazos de papel frases y sentencias espirituales, dichos de luz y de amor, con los que completa la dirección espiritual.

Un día les deja el dibujo del Monte Carmelo, símbolo y síntesis de su doctrina de desprendimiento y purificación.

Comenta el P. Crisógono:

"Es un diseño con aires de dibujo primitivo. Fuertes trazos rectos indican tres caminos: en el centro, la senda de la perfección, que sube recta hasta la cumbre. En ella ha escrito fray Juan: "Senda del Monte Carmelo: espíritu de perfección: nada, nada, nada, nada, nada, nada, y en el monte, nada. "A la izquierda el camino de imperfección. En él leemos: "Camino de espíritu de imperfección: del cielo gloria, gozo, saber, consuelo, descanso." Y al lado este versillo, escrito verticalmente: "Cuando ya no lo quería - téngolo todo sin querer." A la derecha, otra senda de imperfección. En ella ha escrito fray Juan: "Camino de espíritu de imperfección: del suelo poseer, gozo, saber, consuelo, descanso." Y al lado este versillo: "Cuando menos lo quería - téngolo todo sin querer." Arriba, repartidos por toda la cima del monte, ha colocado los frutos del Espíritu Santo: "Paz, gozo, alegría, deleite, piedad, caridad, fortaleza, justicia, sabiduría."; y en la cúspide misma, orlada por el texto bíblico: Introduxi vos in terram Carmeli ut comederetis fructum eius et optima illius, este versillo: "Sólo mora en este monte -honra y gloria de Dios". A cada uno de sus lados, estas sentencias: "No me da gloria nada, no me da pena nada. " Finalmente, rematándolo todo, esta leyenda: "Ya por aquí no hay camino, porque para el justo no hay ley: él para sí se es ley." Y abajo, como sirviendo de base y fundamento al místico monte, ha escrito con letra clara y menuda estos versillos, que compendian su doctrina de purificación:

En esta desnudez halla el espíritu su descanso, porque, no codiciando nada, nada le fatiga y nada le oprime, porque está en el centro de su humildad".
 

Humilde es el que se esconde en su propia nada y se sabe dejar a Dios. SAN JUAN DE LA CRUZ, Dichos de luz y amor

Otro día, les deja el cuadernillo de sus poemas, la parte bella de su sistema místico:
 

Sacó el santo Padre, cuando salió de la cárcel, un cuaderno que, estando en ella, había escrito de unos romances sobre el Evangelio In principio erat Verbum, y unas coplas que dicen: "Que bien sé yo la fon te que mana y corre, aunque es de noche'; y las canciones o liras que dicen: "¿Adónde te escondiste?'; hasta la que dice: "¡ Oh ninfas de Judea!..." (Magdalena del Espíritu Santo).

El tiempo que le queda libre en Beas lo dedica fray Juan a arreglar altares, levantar tabiques o echar suelos.

Durante una de estas estancias en Beas, llegan dos priores descalzos: el de Granada y el de Peñuela. Los dos estuvieron en el capítulo de Almodóvar y firmaron, como los demás, el documento enviado a Roma. Están pesarosos de haber firmado. Fray Juan les dice:

 

"Padres míos, Dios se lo hizo firmar, como a San Pedro el mandarle que echase la red en el mar, y así ha de ser ahora, que han de traer muy buenos recaudos y se ha de hacer gran fruto con ellos."